陶谦死，太祖欲遂取徐州，还乃定布。彧曰：“昔高祖保关中，光武据河内，皆深根固本以制天下，进足以胜敌，退足以坚守，故虽有困败而终济大业。将军本以兖州首事，平山东之难，百姓无不归心悦服。且河、济，天下之要地也，今虽残坏，犹易以自保，是亦将军之关中、河内也，不可以不先定。今以破李封、薛兰，若分兵东击陈宫，宫必不敢西顾，以其间勒兵收熟麦，约食畜谷，一举而布可破也。破布，然后南结扬州，共讨袁术，以临淮、泗。若舍布而东，多留兵则不足用，少留兵则民皆保城，不得樵采。布乘虚寇暴，民心益危，唯鄄城、范、卫可全，其余非己之有，是无兖州也。若徐州不定，将军当安所归乎？且陶谦虽死，徐州未易亡也。彼惩往年之败，将惧而结亲，相为表里。今东方皆以收麦，必坚壁清野以待将军，将军攻之不拔，略之无获，不出十日，则十万之众未战而自困耳。 前讨徐州，威罚实行， 其子弟念父兄之耻，必人自为守，无降心，就能破之，尚不可有也。夫事固有弃此取彼者，以大易小可也，以安易危可也，权一时之势，不患本之不固可也。今三者莫利，愿将军熟虑之。”太祖乃止。大收麦，复与布战，分兵平诸县。布败走，兖州遂平。

陶谦死后，太祖想趁机夺取徐州，回头再平定吕布。荀彧说从前汉高祖保住关中，汉光武帝据守河内，都是为了建立牢固的根基来控制天下，前进时完全可以战胜敌人，后退时完全可以坚持防守，所以虽有困难失败，但最终完成了大业。将军本来是凭借兖州起兵，平定了关东的祸乱，老百姓没有不心悦诚服的。况且黄河、济水流域是天下的要地，如今虽然残破，但还是容易据守自保的，这也就像是将军的关中、河内，不可不首先稳定。现在已经打败了李封、薛兰，如果调动部分兵力往东攻打陈宫，陈宫一定不敢顾及西面，在这段空隙时间率兵收割成熟的麦子，节约粮食，积蓄谷物，一发兵就可打败吕布。打败吕布之后，南面联络扬州，共同讨伐袁术，以控制淮水、泗水一带。假如放弃吕布不打却向东进攻徐州，那么就会出现以下的问题：多留兵力守城，进攻徐州的兵力就不足，少留兵力守城，那么老百姓就都得去守城，不能外出打柴拾草。吕布就会乘虚而入，残暴地进行掠夺，百姓更加恐惧，只有鄄城、范县、卫县可以保全，其余地方就不是我们所有了，这等于没有兖州。假如徐州攻不下，那么将军将回到哪里去呢？况且尽管陶谦死了，徐州仍不易攻克。他们将会汲取以往战败的教训，怕被灭亡而更加团结亲近，里应外合。现在东边都已进入麦收季节，一定会加固防御工事，将粮食等物收藏起来以防备将军，将军如果不攻下他们，夺取没有收获，不超出十天，那么十万的部众就会不战而自己处于无法摆脱的困境。前次讨伐徐州，实行了严厉的惩罚，那些受惩罚者的子弟想到父兄受到的耻辱，一定会人人拼死守卫，不会有投降的想法，即使攻克下来，还是不能占有它。事情本来就有弃此取彼的情况，有用大换小、用安全换危险的情况，权衡一时的形势，可以不用担忧根基不稳固。现在，对这三个方面都没利，希望将军深思熟虑。”太祖于是停止攻打徐州。大力收割麦子以后，再与吕布作战，调派兵力平定各县。吕布被打败逃跑，兖州也就平定了。

建安元年，太祖击破黄巾。汉献帝自河东还洛阳。太祖议奉迎都许，或以山东未平，韩暹、杨奉新将天子到洛阳，北连张杨，未可卒制。彧劝太祖曰：“昔晋文纳周襄王而诸侯景从，高祖东伐为义帝缟素而天下归心。自天子播越，将军首唱义兵，徒以山东扰乱，未能远赴关右，然犹分遣将帅，蒙险通使，虽御难于外，乃心无不在王室，是将军匡天下之素志也。今车驾旋轸，东京榛芜，义士有存本之思，百姓感旧而增哀。诚因此时，奉主上以从民望，大顺也；秉至公以服雄杰，大略也；扶弘义以致英俊，大德也。天下虽有逆节，必不能为累，明矣。韩暹、杨奉其敢为害！若不时定，四方生心，后虽虑之，无及。”太祖遂至洛阳，奉迎天子都许。天子拜太祖大将军，进彧为汉侍中，守尚书令。常居中持重， 太祖虽征伐在外，军国事皆与彧筹焉。 太祖问彧：“谁能代卿为我谋者？”彧言“荀攸、钟繇”。先是，彧言策谋士，进戏志才。志才卒，又进郭嘉。太祖以彧为知人，诸所进达皆称职，唯严象为扬州，韦康为凉州，后败亡。 []

自太祖之迎天子也，袁绍内怀不服。绍既并河朔，天下畏其强。太祖方东忧吕布，南拒张绣，而绣败太祖军于宛。绍益骄，与太祖书，其辞悖慢。太祖大怒，出入动静变于常，众皆谓以失利于张绣故也。钟繇以问彧，彧曰：“公之聪明，必不追咎往事，殆有他虑。”则见太祖问之，太祖乃以绍书示彧，曰：“今将讨不义，而力不敌，何如？”彧曰：“古之成败者，诚有其才，虽弱必强，苟非其人，虽强易弱，刘、项之存亡，足以观矣。今与公争天下者，唯袁绍尔。绍貌外宽而内忌，任人而疑其心，公明达不拘，唯才所宜，此度胜也。绍迟重少决，失在后机，公能断大事，应变无方，此谋胜也。绍御军宽缓，法令不立，士卒虽众，其实难用，公法令既明，赏罚必行，士卒虽寡，皆争致死，此武胜也。绍凭世资，从容饰智，以收名誉，故士之寡能好问者多归之，公以至仁待人，推诚心不为虚美，行已谨俭，而与有功者无所吝惜，故天下忠正效实之士咸愿为用，此德胜也。夫以四胜辅天子，扶义征伐，谁敢不从？绍之强其何能为！”太祖悦。彧曰：“不先取吕布，河北亦未易图也。”太祖曰：“然。吾所惑者，又恐绍侵扰关中，乱羌、胡，南诱蜀汉，是我独以兖、豫抗天下六分之五也。为将奈何？”彧曰：“关中将帅以十数，莫能相一，唯韩遂、马超最强。彼见山东方争，必各拥众自保。今若抚以恩德，遣使连和，相持虽不能久安，比公安定山东，足以不动。钟繇可属以西事。则公无忧矣。”

建安元年，太祖打败黄巾军。汉献帝从河东回到洛阳。太祖议定迎接汉献帝迁都许县，有人认为关东没有平定，韩暹、杨奉最近把天子送到洛阳，北面联合张杨，不可能很快控制他们。荀彧劝太祖说：“从前晋文公迎接周襄王返回王城，诸侯像影子一样跟着他，汉高祖东征项羽，为义帝穿白色的孝服而使天下人心归服。自从天子流亡在外，将军首先发起建立义军，只因关东作乱，没能远到关中、陇右地区，但还是派遣了将帅，冒险与朝廷联系，虽在外抵御暴乱，但您的内心无时无刻不放在朝廷，这是将军匡扶天下的夙愿。现在皇上大驾回到京都，东京草木丛生，义士们怀有保存朝廷根基的想法，百姓感怀旧主而更加伤感。如果趁此时机，拥戴皇上来顺从百姓的愿望，这就是最大的顺从；持最公正的态度使英雄豪杰归服，这就是最大的谋略；匡扶大义来招引优秀的人才，这就是最大的德行。天下即使有叛逆，一定不会成为累赘，这是显而易见的。韩暹、杨奉怎敢为害！如不及时平定，各地都会产生疑心，事后即使想到这一点，也来不及了。”太祖于是前往洛阳，迎接天子迁都许昌。汉献帝任命太祖为大将军，晋升荀彧为汉朝侍中，代理尚书令。荀彧常在朝中担当重任，太祖虽然征伐在外，军国大事都与荀彧一起筹划。太祖问荀彧：“谁能代替您为我谋划呢？”荀彧说：“荀攸、钟繇。”在这以前，荀彧谈及出谋划策的人时，推荐过戏志才。戏志才死后，又推荐过郭嘉。太祖认为荀彧能鉴察人的品行、才能，他推荐的许多人都很称职，只有严象担任扬州刺史时，被李术杀害，韦康担任凉州刺史时，被马超打败身亡。

自从太祖将汉献帝接到许昌后，袁绍心怀不服。这时袁绍已经兼并了黄河以北地区，天下人都害怕他的强大。太祖正在担心东边的吕布，又在抵抗南边的张绣，可是张绣在宛县打败了太祖的军队。此时袁绍更加骄傲，给太祖写信，措辞无理傲慢。太祖大怒，连出入举止都不同于平常，大家都认为这是与张绣作战失利的缘故。钟繇为这事询问荀彧，荀彧说：“曹公是个聪明人，一定不会追悔过去的事，或许有其他思虑。”荀彧就进见太祖询问此事，太祖就将袁绍的信给荀彧看，说：“我现在打算讨伐不讲道义的人，可是力量敌不过他，怎么办呢？”荀彧说：“自古以来较量胜负的人，如果是确实有才能的，即使开始时弱小，最终一定强大，如果不是那样的人，即使开始时强大，最终也会变得弱小，刘邦、项羽的存亡，就完全可以看出这道理。当今与您争夺天下的人，只有袁绍。袁绍外表宽容但内心猜忌，用人却又怀疑被用者的思想，您明智通达，不拘一格，只要有才能就适当任用，这在气度上就超过了袁绍。袁绍处事犹豫不决，失败在于错失时机，您能决断大事，随机应变，这在谋略上超过了袁绍。袁绍治军不严，不制法令，士兵虽多，实际上很难调动，您法令严明，奖罚必行，士兵虽少，都能竞相拼死，这在用兵上超过了袁绍。袁绍凭借他世世代代的资望，举止装得富有智慧，为的是沽名钓誉，所以士人中那些缺少才能喜欢出名的人大多归附他，您用最仁爱的心待人，推心置腹，不做虚假的赞美，自己的行为谨慎生活俭朴，但赏赐有功的人从不吝惜，所以天下忠诚正直注重实际的人都愿被您任用，这在德行上超过了袁绍。凭这四方面的优势辅佐天子，匡扶正义，讨伐逆臣，哪个敢不服从？袁绍虽然强大，但他能有什么作为哩！”太祖很是高兴。荀彧说：“不首先攻下吕布，黄河以北的地区也就不易图谋。”太祖说：“是的。我所困惑的，就是还担心袁绍侵扰关中地区，引发羌、胡作乱，南面引诱蜀汉，这样我只能凭兖、豫二州对抗天下六分之五的地方。这将怎么办呢？”荀彧说：“关中的将帅以十计算，没有人能够统一起来，只有韩遂、马超力量最强。他们看到山东正在争战，一定会各自聚集部众保全自己。现在如果能以恩德招抚他们，派遣使者去与他们联合讲和，即使相互不能维持长久的安定，等到您安定山东地区时，完全可以使他们安处不动。西边的事可以托付给钟繇。那么您就无后顾之忧了。”

三年，太祖既破张绣，东禽吕布，定徐州，遂与袁绍相拒。孔融谓彧曰：“绍地广兵强；田丰、许攸，智计之士也，为之谋；审配、逢纪，尽忠之臣也，任其事；颜良、文丑，勇冠三军，统其兵：殆难克乎！”彧曰：“绍兵虽多而法不整。田丰刚而犯上，许攸贪而不治。审配专而无谋，逢纪果而自用，此二人留知后事，若攸家犯其法，必不能纵也，不纵，攸必为变。颜良、文丑，一夫之勇耳，可一战而禽也。”五年，与绍连战。太祖保官渡，绍围之。太祖军粮方尽，书与彧，议欲还许以引绍。彧曰：“今军食虽少，未若楚、汉在荥阳、成皋间也。是时刘、项莫肯先退，先退者势屈也。公以十分居一之众，画地而守之，扼其喉而不得进，已半年矣。情见势竭，必将有变，此用奇之时，不可失也。”太祖乃住。遂以奇兵袭绍别屯，斩其将淳于琼等，绍退走。审配以许攸家不法，收其妻子，攸怒叛绍；颜良、文丑临阵授首；田丰以谏见诛：皆如彧所策。

建安三年，太祖已经打败张绣，在东面捉到吕布，平定了徐州，于是与袁绍相对抗。孔融对荀彧说：“袁绍地盘宽广，兵力强大；田丰、许攸，是有智谋的人，给他出谋划策；审配、逢纪，是竭尽忠诚的臣下，为他处理政事；颜良、文丑，勇冠三军，为他统领部队：恐怕难以战胜他哩！”荀彧说：“袁绍兵力虽多而军法不严。田丰性格刚直而好冒犯上司，许攸贪婪而不能治理。审配独断专行而无谋略，逢纪果断但刚愎自用，要是这两人留下主持后方的事务，假如许攸的家人触犯法规，他们一定不会放过，不肯放过，许攸一定会叛变。颜良、文丑，不过是匹夫之勇而已，只要打一仗就可以把他们捉住。”建安五年，太祖与袁绍连续作战。太祖保卫官渡，袁绍围攻他。太祖的军粮快要吃光时，写信给荀彧，与荀彧商量，打算返回许昌来引退袁绍。荀彧说：“现在军粮虽然缺少，但不像楚、汉在荥阳、成皋一带相持的情况。那时刘邦、项羽都不肯首先撤退，认为首先撤退自己就会处于弱势。您以占敌人十分之一的兵力，画地坚守，掐住敌人的咽喉使他不能前进，已有半年了。现在情况表现出势力衰竭，但一定会有变化，这是运用奇兵的时机，不可失去机会！”太祖才没有撤退。就用出其不意的兵力突袭袁绍的别处军营，斩杀了袁绍的部将淳于琼等人，袁绍撤退逃走了。审配以许攸的家人不守法为由，逮捕了他的妻子儿女，许攸气怒之下叛变了袁绍；颜良、文丑临阵被杀；田丰因为劝谏袁绍被杀：情况都像荀彧所预料的那样。

六年，太祖就谷东平之安民，粮少，不足与河北相支，欲因绍新破，以其间击讨刘表。彧曰：“今绍败，其众离心，宜乘其困，遂定之；而背兖、豫，远师江、汉，若绍收其余烬，承虚以出人后，则公事去矣。”太祖复次于河上。绍病死。太祖渡河，击绍子谭、尚，而高幹、郭援侵略河东，关右震动，钟繇帅马腾等击破之。语在《繇传》。八年，太祖录彧前后功，表封彧为万岁亭侯。 九年，太祖拔邺，领冀州牧。或说太祖“宜复古置九州岛，则冀州所制者广大，天下服矣”。太祖将从之，彧言曰：“若是，则冀州当得河东、冯翊、扶风、西河、幽、并之地，所夺者众。前日公破袁尚，禽审配，海内震骇，必人人自恐不得保其土地，守其兵众也；今使分属冀州，将皆动心。且人多说关右诸将以闭关之计；今闻此，以为必以次见夺。一旦生变，虽有守善者，转相胁为非，则袁尚得宽其死，而袁谭怀贰，刘表遂保江、汉之间，天下未易图也。愿公急引兵先定河北，然后修复旧京，南临荆州，责贡之不入，则天下咸知公意，人人自安。天下大定，乃议古制，此社稷长久之利也。”太祖遂寝九州议。